Η Κύθνος έχει δυο σημαντικούς οικισμούς, το χωριό »Μεσσαριά» ή »Κυθνος» (πληθυσμός περίπου 675 κατ.), γνωστή και ως »Χώρα» και το χωριό »Δρυοπόδα» ( πληθυσμός περίπου 525 κατ.) επίσης γνωστό και ως »Χωριό». Και τα δύο χωριά είναι φημισμένα για την καθαριότητα τους και τα ελικώδη δρομάκια, πολύ στενά για την κυκλοφορία των οχημάτων. Τα χωριά ειναι πολύ γραφικά αλλά με διαφορετικούς αρχιτεκτονικούς ρυθμούς. Η Χώρα έχει τις χαρακτηριστικές επίπεδες στέγες των Κυκλάδων ενώ η Δρυοπίδα έχει τις χαρακτηριστικές λοξές στέγες στολισμένες με κεραμίδια. Η Χώρα είναι επίσης γνωστή για την μεγάλη Ελληνορθόδοξη εκκλησία ενώ ολόκληρο το νησί είναι γεμάτο από κατάλευκα παρεκκλήσια.

 

Υπάρχει επίσης ένας αυξανόμενος οικισμός στην ανατολική πλεύρα του νησιού, η »Κανάλα» με αξιωσημείωτη βλάστηση και την περίφημη εκκλησία »Παναγία Κανάλα». Ο Άγιος Δημήτριος στο νότιο άκρο του νησιού είναι ένας σύγχρονος οικισμός με όμορφα εξοχικά σπιτάκια να στολίζουν τον λόφο πάνω από την γεμάτη παραλία με κατάλευκα κρινάκια. Στο βορειοανατολικό άκρο του νησιού βρίσκεται ο οικισμός των Λουτρών, ένα χωριό φημισμένο για τις ιαματικές πηγές με τις θεραπευτικές τους ιδιότητες. Παρόλο που το μεγάλο τουριστικό ξενοδοχείο » Ξενία» έχει κλείσει εδώ και αρκετά χρόνια, τα λουτρά λειτουργούν ακόμα και οι επισκέπτες μπορούν να απολαύσουν ένα χαλαρωτικό μπάνιο στις μαρμάρινες μπανιέρες με την καταβολή ενός μικρού χρηματικού ποσού.

 

Το λιμάνι του νησιού ονομάζεται »Μέριχας» και ο πληθυσμός του κυμαίνεται σημαντικά κατά την διάρκεια του χρόνου. Πριν από την δεκαέτια του 1970 δεν υπήρχαν μόνιμοι κάτοικοι στον Μέριχα. Σήμερα υπάρχει μια όλο και μεγαλύτερη αύξηση του πληθυσμού και ιδιαίτερα κατά την διάρκεια του καλοκαιριου ο Μέριχας είναι ένα πολυσύχναστο μέρος με έντονη νυχτερινή ζωή. Ο Μέριχας συνδέεται με το λιμάνι του Λαυρίου και του Πειραιά και το ταξίδι διαρκεί 2 ώρες ( μέσω Λαυρίου) και 3 με 3,5 ( μέσω Πειραιά) ανάλογα την ταχύτητα του πλοίου και τις καιρικές συνθήκες. Η κατασκεύη του νέου μόλου στο λιμάνι ξεκίνησε το 2005 με σκοπό να φιλοξενήσει μεγαλύτερα πλοία. Η Κύθνος θεωρείται ένα απο τα τελευταία νησιά των Κυκλάδων που παραμένουν ανεπηρέαστα απο τις επιπτώσεις του τουρισμού καθώς δεν έχει υπεραναπτυχθεί και έτσι έχει καταφέρει να διατηρήσει ανέπαφη την αυθεντικότητα του.